本案座落在交通大學校園之東南角，狹長形之基地及其坡度略呈西南偏東北走向，東側緊鄰新竹科學園區17.6公尺寬之道路，其它則由交大校內道路、原有之松樹林及校方保留之草坡所界定。

主要建築物為行政研究大樓及奈米實驗大樓兩部分，其配置係根據基地特性並兼顧位於北側原有實驗室之功能採取南北向並列。行政研究大樓分屬兩大單位使用：2至6樓屬於國家奈米元件實驗室(NDL)之行政中心及研究室、7至10樓則屬於國家晶片系統設計中心(CIC)；1至地下2樓則為共用之汽機車停車空間。奈米實驗大樓分別設有潔淨室、氣體化學供應室、中央廠務系統及廠務辦公室在其中；另外將大宗氣體供應站、廠務設施之服務動線與原有之服務區域關係整合為一。