一九九九年，埔里經歷了撼動全台的921大地震，埔里基督教醫院乃擬定此耐震之擴建計畫。在整體規劃上，現有的一、二期建築與新規劃結合，形成一個完整的設施。為確保所有醫療部門在施工期間能正常運作，分期興建時的搬遷計畫成為本案的重要課題之一。

第三期工程:
為維持醫院在工程時期的正常運作，本”過渡”大樓用來暫時安置將被拆遷的醫療部門，包含急診室、實驗室、診察中心、重症護理單元、復健中心及放射室。

第四期工程:
本期建物與原有一、二期建物緊密相鄰，並將一樓及二樓的空間整合，以增進部門之間的交流。為了防範下次大地震來臨時，醫療部門仍能正常運作，急診室、放射室、實驗室、手術室、加護病房及產房部等皆重新設置於本棟。由於基地位於台地，為順應坡地地勢及加強醫療空間功能，乃規劃出不同高層之屋頂露臺，除可提供病患休息放鬆，產婦產前活動空間外，並可在緊急時移作處理重症病患之臨時場所。本期工程中並包含一可容納約400人之集會堂，成為全院區之集會與敬拜場所。