永齡健康基金會於2008年12月與臺灣大學簽定「捐贈合約」，興建一座具醫學中心級的癌醫中心醫院與治療癌症最先進的輻射科學暨質子治療中心，並與國立臺灣大學進行生醫工程之研究合作，興建生醫工館。此一連串具前瞻性的捐贈計畫，注重臨床實證與專業研究，體認「以人為本」的療癒環境，形成一相互支援的生醫研究軸。

為了將國際最先進的輻射治療結合人性化的門診與臨床研究，台灣大學於癌醫中心西側再提供7,018㎡的校地，集中設置光子治療與質子治療的輻質中心，即「輻射科學暨質子治療中心」，提供臺大各學院及科系所師生針對輻射科學研究之平臺。

本案基地位於臺北市市區與蟾蜍山自然地景交接處，藉由垂直與水平之量體延伸，達成人為與自然環境的和諧。建築物量體透過退縮與屋頂花園的設置，讓校園現有的景觀與建築紋理在基地內產生銜接、過渡與融合。